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CRESCO: Descrizione del Sistema di Brindisi

SISTEMA DISATTIVATO NON DISPONIBILE

SOMMARIO:

Caratteristiche del Cluster
Nodi di Front-End
Accesso tramite Client ssh.
Uso di Modules
Flavour MPI presenti

1. Caratteristiche del Cluster

Il cluster CRESCO di Brindisi è un sistema di calcolo costituito da 6 server, di cui una macchina di front-end e 5 nodi di calcolo. Le caratteristiche delle due tipologie di macchine sono le seguenti:

Front-end

brindisi-fg1.brindisi.enea.it
2 socket con processori Intel Xeon E5405 2.00GHz 24 GB di RAM
1 disco 160GB SATA
Due interfacce GEthernet
1 scheda video

Nodi di calcolo

crescobX.brindisi.enea.it, dove X va da 1 a 5
4 socket con processori Intel Xeon X7350 2.93GHz 64 GB di RAM
1 disco 145GB SATA
Due interfacce GEthernet
1 scheda video

Si hanno a disposizione un totale di 88 cores, dei quali 80 dedicati al calcolo, connessi tra loro da una rete Gigabit Ethernet.

L'architettura Intel Xeon E5405 e' riconducibile al seguente schema:

L'architettura Intel Xeon X7350 e' riconducibile al seguente schema:

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2. Nodi di Front-End

L'utilizzo del cluster avviene facendo il login in uno dei nodi di front-end. I nodi di front-end servono semplicemente per il lancio delle applicazioni tramite LSF, per editare i propri script di lancio o per le compilazioni. I nodi di calcolo sono raggiungibili solo tramite LSF.

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3. Accesso tramite Client ssh.

Per accedere al sistema tramite "ssh" è sufficiente collegarsi direttamente al nodo di front-end indicato in precedenza se il proprio PC è collegato alla LAN di uno dei centri ENEA. Dall'esterno collegarsi invece ad uno dei nodi di front-end dell'ENEA-GRID elencati QUI, e poi al front-end brindisi-fg1.brindisi.enea.it.

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4. Uso di Modules.

Sul cluster Cresco Brindisi l'inizializzazione dell'ambiente per il singolo utente viene effettuata grazie al software Modules. Per i dettagli sull'implementazione, sulle scelte fatte e sull'uso del software è possibile consultare la relativa documentazione.

In particolare, per impostare in maniera opportuna l'ambiente per la compilazione e la sottomissione di job paralleli non sarà disponibile il comando mpi-selector come sui restanti cluster di ENEA-GRID, ma dovranno essere utiliz zati i comandi messi a disposizione da Modules.

Per listare l'elenco delle flavour disponili si potrà utilizzare il comando:

module avail (questo comando elenca, tra gli altri, i moduli disponibili per gli ambienti paralleli)

La flavour impostata di default per tutti gli utenti è:

openmpi_intel-1.2.8

Se l'utente vuole scegliere una diversa flavour dovrà utilizzare il comando:

module switch flavour_attuale flavour_desiderata

Ad esempio se si vuole scegliere la libreria OpenMPI compilata con gcc si dovrà dare il comando:

module switch mpi_flavour/openmpi_intel-1.2.8 mpi_flavour/openmpi_gcc-1.2.8

A questo punto l'ambiente risulta impostato coerentemente con la scelta della nuova flavour.

N.B. Per gli utenti che chiamano bash o ksh, affinchè Modules riesca ad impostare correttamente l'ambiente, è necessario creare nella propria HOME AFS i file .bashrc o .kshrc (oppure modificarli se giá esistenti) inserendo in testa ad essi delle opportune righe di codice.

Per il file .bashrc:

if [ -f /usr/share/Modules/init/bash ]

then

. /usr/share/Modules/init/bash

Per il file .kshrc:

if [ -f /usr/share/Modules/init/ksh ]

then

. /usr/share/Modules/init/ksh

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5. Flavour MPI presenti.

Le flavour MPI presenti sul Cluster CRESCO di Brindisi, distinte per compilatore, sono elencate nella seguente tabella:

	PGI (version 10.2-1)	GNU (version 4.1.2)	Intel (version 11.0)
OpenMPI	openmpi_pgi-1.2.8	openmpi_gcc-1.2.8	openmpi_intel-1.2.8

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ultimo aggiornamento: 24/03/2014|e-mail:Guido Guarnieri